В сезоне 2000/01 динамовцы заняли последнее место и на четыре года покинули высшую лигу. Клуб пытался решить задачу возвращения в высший дивизион уже в первом сезоне, но вскоре и болельщикам, и специалистам стало понятно, что такое возрождение без создания новой инфраструктуры клуба невозможно. Положение команды не улучшалось. По окончании сезона 2002/03 года даже сложилась ситуация, когда из-за отсутствия финансирования команда могла быть и расформирована. Положение с московским «Динамо» стало меняться с приходом, в конце лета 2003 года, в команду нового президента Игоря Валентиновича Звонарёва (в своё время игравшего в высшей лиге в составах «Динамо» и «Вымпела»). Финансирование наладилось и перед командой была поставлена задача попадания в финальный турнир первой лиги. Однако конфликт возникший у президента клуба с главным тренером команды Владимиром Плавуновым, при поддержке последнего ведущими игроками команды, перечеркнул надежды на выход в высшую лигу. По итогам сезона, не решив задачу возвращения в высшую лигу, Игорь Звонарёв ушёл из команды.
К счастью, с сезона 2003/04 года команда по хоккею с мячом нашла поддержку у МГС (Московский городской совет) «Динамо». Новым президентом клуба стал Николай Николаевич Барышников. В 2004 году руководителями спортивного общества «Динамо» было принято решение возродить былую славу команды по хоккею с мячом. Перед началом турнира только АМНГР и «Динамо» изъявили желание выйти в высшую лигу. Обе команды, игравшие в одной, первой, группе равно прошли дистанцию предварительного этапа, окончив турнир с равными показателями по очкам, победам, ничьим, поражениям и только лучшая разница забитых и пропущенных мячей вывела «Динамо» на первое место.
Первоначально финальный турнир команд первой лиги было решено проводить в Мончегорске, однако позже его перенесли на искусственный лёд Москвы и Красногорска. Кроме москвичей и мурманчан право играть в финале завоевали «Мончегорск-Североникель» — третья команда первой группы, «Универсал» Саратов от второй, победитель группы «Черемшан» из Димитровграда по финансовым причинам от участия в финальном турнире отказался, «Маяк-2» Краснотурьинск — от третьей, фарм-клуб кемеровского «Кузбасса» команда «Топкинец» Топки от четвертой и «Надежда» Биробиджан — от пятой группы. 6 марта 2005 года победив в финале семерых бело-голубые завоевали право вернуться в высшую лигу.
В сезоне 2005/06 команду усилит большая группа игроков из испытывающего финансовые проблемы архангельского «Водника» во главе с прославленным тренером Владимиром Янко. Руководители ХК «Динамо» и поклонники команды надеются на возрождение былой славы бело-голубых.